一般情况下，用人单位以员工没有全勤为由扣底薪是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 最低工资保障：根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。这意味着，无论员工是否全勤，其工资都不应低于这一法定标准。
2. 工资扣除限制：《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。这一规定对工资扣除进行了明确限制，并未提及因未全勤而扣底薪的情况。

二、合法扣薪的前提

若用人单位确实需要因员工未全勤而扣减工资，必须满足以下条件：

1. 规章制度明确：用人单位的规章制度中必须明确规定未全勤的扣薪标准，且该制度需经民主程序制定并已向员工公示。
2. 劳动者同意：员工在入职时需知晓并同意该扣薪制度。
3. 扣薪后工资不低于最低工资标准：即使扣除部分工资，员工的实际到手工资也不得低于当地最低工资标准。

三、劳动者的应对策略

1. 了解与沟通：劳动者应仔细查阅劳动合同和公司规章制度，了解自己的薪资结构和考勤规定。如有疑问或认为不合理，应及时与用人单位沟通协商，寻求解决方案。
2. 收集证据：在维权过程中，劳动者应收集并保存好所有相关证据，包括劳动合同、工资条、考勤记录、沟通记录等，以便在需要时证明自己的主张。
3. 正式投诉与仲裁：若协商无果，劳动者可以向工会求助，或直接向当地的劳动监察部门投诉。必要时，还可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。

四、结论

综上所述，用人单位以员工没有全勤为由扣底薪，在大多数情况下是不合法的。除非满足特定的前提条件，即规章制度明确、劳动者同意且扣薪后工资不低于最低工资标准。劳动者在遇到此类问题时，应充分了解自己的权益和法律规定，通过合法途径维护自己的合法权益。如果您还有其他法律问题，欢迎随时向我咨询。