公司没有保底工资、没有全勤奖而扣工资的行为，是否合法需分情况讨论：
关于保底工资：
- 若劳动合同中有明确约定保底工资：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者签订的劳动合同中，应当明确约定劳动报酬。若劳动合同中明确约定了保底工资，而公司未支付，则公司行为构成违约，劳动者有权要求公司按照合同约定支付保底工资，并可依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 若劳动合同中未约定保底工资：则公司是否支付保底工资，需根据公司的规章制度、行业惯例以及双方的实际履行情况来判断。若公司规章制度中明确规定了保底工资，且该制度不违反法律法规的强制性规定，则公司应遵守。若规章制度中未规定，且双方对此无明确约定，则公司可能不承担支付保底工资的义务。但需注意，即使无保底工资约定，公司也不得随意克扣劳动者工资，必须确保劳动者所得不低于当地最低工资标准。
关于全勤奖与扣工资：
- 全勤奖的性质：全勤奖通常是公司为了鼓励员工全勤工作而设立的一种奖励制度。它并非劳动者的法定权益，而是公司根据自身情况自愿设立的。
- 扣工资的合法性：若公司因员工未全勤而扣减工资，需看双方劳动合同或公司规章制度中是否有明确约定。若劳动合同或规章制度中明确规定了全勤奖的发放条件及未达标时的扣减方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定（如不得低于最低工资标准），则公司扣减工资的行为可能合法。但若劳动合同或规章制度中无此约定，或约定违反法律法规，则公司不得随意扣减员工工资。
法律建议：
- 劳动者应仔细阅读劳动合同及公司规章制度，了解自己的权益及公司的规定。
- 若公司存在违法扣减工资的行为，劳动者可先与公司协商解决；协商无果的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 用人单位在制定规章制度时，应确保内容合法、合理，并明确告知劳动者，以避免因规定不明而引发的劳动争议。
可能的法律后果：
- 若公司违法扣减工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付工资、加付赔偿金等。
- 劳动者因此解除劳动合同的，公司还可能需支付经济补偿金。
如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。