结论：没有底薪且因缺勤扣工资是否合法，需结合具体情况分析。但总体而言，若未设定底薪或底薪低于当地最低工资标准，以及因缺勤而非法扣减工资，均可能构成违法行为。
一、底薪的合法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。这意味着，无论工资结构如何，劳动者的最终收入都不应低于这一标准。
不合法情形：
- 若用人单位未设定底薪或设定的底薪低于当地最低工资标准，导致劳动者在正常出勤并提供正常劳动的情况下，工资收入低于该标准，此做法违法。例如，某地区最低工资标准为2000元/月，若用人单位与劳动者约定无底薪，或底薪仅为1500元/月，且劳动者正常出勤，则用人单位的行为违法。
合法情形：
- 在劳动者与用人单位平等自愿、协商一致的基础上，若合同约定以完成一定工作任务或按业绩等方式计酬，且劳动者实际获得的收入在正常工作情况下能够达到或超过当地最低工资标准，则此约定合法。但这种情况较为特殊，且需确保劳动者在无法完成工作任务或业绩不佳时，其收入也不低于最低工资标准。
二、缺勤扣工资的合法性
合法扣减：
- 用人单位有权通过合法的规章制度对缺勤行为进行管理和约束。若规章制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并向劳动者公示或告知，且明确规定了缺勤的处理方式（包括扣减相应工资），则在劳动者缺勤时，按照规章制度扣工资通常合法。但扣减后的工资不能使劳动者当月工资低于当地最低工资标准。
不合法扣减：
- 若规章制度未经民主程序制定或未向劳动者公示，则该规章制度对劳动者不具有约束力，以此扣工资违法。
- 扣工资数额不合理，如规定缺勤一天扣三天工资等明显不合理的处罚措施，缺乏法律依据，属于违法扣减。
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，除非有法定理由，否则用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。缺勤并非法定可以扣除工资的理由（除非给用人单位造成了经济损失），因此，除非能证明缺勤给用人单位造成了经济损失，否则不得额外扣工资。
经济损失赔偿：
- 若劳动者缺勤给用人单位造成了经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
三、劳动合同约定的法律效力
- 劳动合同中的约定不能违反法律法规的强制性规定。如劳动合同中的约定与法律法规相冲突，应以法律法规为准。例如，若劳动合同中约定无底薪且缺勤扣工资的方式违反了最低工资保障制度或工资扣除限制，则该约定无效。
四、实际应用与建议
劳动者：
- 应了解自己的权益，如遇到底薪低于最低工资标准或因缺勤被非法扣减工资的情况，应及时向劳动行政部门投诉，维护自己的合法权益。
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资结构、缺勤处理等方面的约定，确保自己的权益不受侵害。
用人单位：
- 应确保规章制度的合法性，并严格按照法律法规执行，以避免不必要的法律纠纷。
- 在制定工资结构和缺勤处理制度时，应充分考虑劳动者的权益和法律法规的要求，确保制度的合理性和合法性。
总结：没有底薪且因缺勤扣工资是否合法需具体分析。但无论如何，用人单位都应遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益不受侵害。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。