关于公司未注册工伤认定应如何进行的问题，这主要涉及到工伤认定的管辖地和责任主体。以下是对此问题的详细解答：

一、确定工伤认定的管辖地

1. 公司注册地与生产经营地一致的情况：

   • 如果公司注册地与生产经营地一致，且公司未为员工缴纳工伤保险，那么工伤认定应由公司注册地的社会保险行政部门负责。

2. 公司注册地与生产经营地不一致的情况：

   • 根据《人力资源和社会保障部关于执行<工伤保险条例>若干问题的意见(二)》第七条第三款的规定，未参加工伤保险的职工，应当在生产经营地进行工伤认定、劳动能力鉴定，并按照生产经营地的规定依法由用人单位支付工伤保险待遇。
   • 这意味着，如果公司注册地与生产经营地不一致，且公司未为员工缴纳工伤保险，员工应在生产经营地（即实际工作地点）的社会保险行政部门申请工伤认定。

二、申请工伤认定的流程

1. 准备材料：

   • 工伤认定申请表；
   • 与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；
   • 医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。

2. 提交申请：

   • 将准备好的材料提交至生产经营地（或注册地，如适用）的社会保险行政部门。

3. 等待审核：

   • 社会保险行政部门将对提交的材料进行审核，并可能进行实地调查。

4. 接收认定结果：

   • 如果工伤认定申请被接受，社会保险行政部门将出具《认定工伤决定书》；如果申请被拒绝，将告知拒绝的理由和依据。

三、注意事项

• 及时申请：工伤认定申请有一定的时效限制，通常是在事故发生后的一定时间内（如一年内），因此请务必及时申请。
• 保留证据：在申请工伤认定过程中，保留好所有与工伤相关的证据，如医疗记录、事故现场照片、目击者证言等。
• 咨询专业律师：如果对工伤认定流程或结果有疑问，可以咨询专业律师以获取更详细的法律建议。

综上所述，公司未注册工伤认定时，应根据公司的注册地和生产经营地情况来确定工伤认定的管辖地，并按照规定的流程提交申请。同时，注意保留好相关证据并咨询专业律师以获取必要的法律支持。