协议只盖单位章，在大多数情况下是有效的，但具体效力需结合实际情况及法律规定来判断。以下是详细分析：

1. 通常情况下的有效性：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，盖章是合同成立的有效方式之一。
   • 如果协议上盖的章是真实有效的，且代表了当事人的真实意思表示，同时协议内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议仅盖章也是具有法律效力的。

2. 影响有效性的特殊情况：

   • 盖章主体不适格：若盖章的主体不具备相应的民事行为能力或没有签订该协议的权限，则协议可能无效。例如，公司内部某个部门未经公司授权，擅自加盖部门印章签订合同，这样的协议效力会受到质疑。
   • 盖章不真实：如果协议上的盖章是伪造的，并非当事人真实使用的印章，那么该协议无法体现当事人的真实意思表示，因此可能无效。
   • 特殊约定：若协议中明确约定“双方签字并盖章生效”，则仅盖章可能不足以使协议生效，还需要双方的签字。
   • 违反法律法规或公序良俗：即使协议上盖了章，但如果协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了社会公德和公共利益，那么该协议依然无效。

3. 其他考虑因素：

   • 双方真实意思表示：协议的有效性还要求双方有真实的意思表示，不能存在欺诈、胁迫等不正当手段。
   • 内容合法性：协议的内容必须合法，不能违反国家法律法规的禁止性规定。

综上所述，协议只盖单位章在大多数情况下是有效的，但具体效力需根据盖章的真实性、盖章主体的适格性、协议内容的合法性以及双方的真实意思表示等因素来综合判断。如有任何疑虑或需要进一步的法律确认，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。