协议上只盖公章，在大多数情况下是有效的。但具体效力需结合实际情况及法律规定来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 通常情况下的有效性：

   • 公章代表法人的意志，加盖公章即意味着法人对协议内容的认可。根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，如果协议上盖的章是真实有效的，且代表了当事人的真实意思表示，同时协议内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议仅盖章也是具有法律效力的。

2. 影响有效性的特殊情况：

   • 盖章主体不适格：若盖章的主体不具备相应的民事行为能力或没有签订该协议的权限，则协议可能无效。
   • 盖章不真实：如果协议上的盖章是伪造的，并非当事人真实使用的印章，那么该协议无法体现当事人的真实意思表示，因此可能无效。
   • 协议特殊约定：若协议明确规定需要法定代表人签字并加盖公章才生效，那么仅盖公章可能不足以使协议生效。
   • 违反法律法规或公序良俗：即使协议上盖了章，但如果协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了社会公德和公共利益，那么该协议依然无效。

3. 其他考虑因素：

   • 双方真实意思表示：协议的有效性还要求双方有真实的意思表示，不能存在欺诈、胁迫等不正当手段。
   • 内容合法性：协议的内容必须合法，不能违反国家法律法规的禁止性规定。

综上所述，协议上只盖公章在大多数情况下是有效的，但具体效力需根据盖章的真实性、盖章主体的适格性、协议内容的合法性以及双方的真实意思表示等因素来综合判断。如有任何疑虑或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我将为您提供专业的法律意见。