协议书单位盖章在大多数情况下是有效的，但具体效力需结合多种因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：

一、通常情况下盖章有效

根据《民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，在符合法律法规的前提下，双方当事人在协议书上真实盖章，且协议内容合法合规，则协议书一般认定为有效。

• 有效条件：
  1. 协议内容合法：协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
  2. 当事人资格：双方当事人具有相应的民事行为能力，能够理解和承担协议中的权利和义务。
  3. 意思表示真实：双方意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形。
  4. 盖章真实有效：协议书上所盖的章是真实有效的合同专用章或公司公章，而非伪造或虚假的印章。

二、盖章但协议书可能无效的情形

尽管盖章是合同成立的常见方式，但在以下特定情况下，即使盖了章，协议书也可能被认定为无效：

1. 主体不适格：

   • 如无民事行为能力人（如不满八周岁的未成年人或不能辨认自己行为的成年人）签订的协议书无效。
   • 限制民事行为能力人（如八周岁以上未满十八周岁的未成年人）未经法定代理人同意或追认而签订的协议书可撤销或无效。

2. 意思表示不真实：

   • 如一方受欺诈、胁迫等非自愿情况下盖章，该方有权请求法院或仲裁机构撤销协议书。

3. 内容违法违规：

   • 协议书内容涉及违法犯罪活动或违背公序良俗，如走私、贩毒、婚外同居等违法约定，均导致协议书无效。

4. 恶意串通损害他人利益：

   • 双方当事人恶意串通，通过签订协议书损害国家、集体或第三人利益的，协议书无效。

5. 无权代理且未被追认：

   • 盖章人未经授权或超越代理权签订协议书，且被代理人未予追认的，协议书对被代理人不发生效力。

6. 印章虚假或无效：

   • 如果协议书上所盖的章是假的，即非真实有效的合同专用章或公司公章，或者该印章已被公司声明作废，那么该协议书同样无效。

三、增强协议书有效性的建议

为确保协议书的有效性和法律效力，建议在签订时注意以下几点：

1. 核实身份与权限：仔细核对对方当事人的身份信息和代理权限，确保签字盖章的人具有合法的代表权或代理权。
2. 认真阅读协议内容：逐条审阅协议条款，确保其内容合法合规，无违法违规之处。
3. 保留证据：保存好协议书原件及相关沟通记录等证据材料，以备不时之需。
4. 确保盖章真实有效：在盖章前确认印章的真实性和有效性，避免使用伪造或虚假的印章。

四、实际案例说明

• 有效案例：甲乙双方签订了一份买卖合同，双方均在合同上加盖了公司公章，且合同内容合法合规。后因履行问题发生争议，法院认定该合同有效，双方应依约履行各自义务。
• 无效案例：甲公司员工私自伪造公司合同章与乙公司签订了一份采购合同。甲公司事后发现并声明该印章作废。后因乙公司要求甲公司履行合同义务发生争议，法院认定该合同无效，因为印章是伪造的且未经甲公司追认。

综上所述，协议书单位盖章的有效性并非绝对，而是需结合多方面因素进行综合判断。在实际操作中，应严格遵守法律法规，确保协议内容的合法性与双方当事人的真实意愿表达，以维护协议的法律效力和双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。