协议书上双方签字盖章生效，只盖章在大多数情况下是有效的，但具体效力需结合实际情况及法律规定来判断。以下是对这一问题的详细分析：

一、通常情况下的有效性

根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，盖章是合同成立的有效方式之一。因此，如果协议上盖的章是真实有效的，且代表了当事人的真实意思表示，同时协议内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议仅盖章也是具有法律效力的。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中约定“双方签字盖章后生效”。在签订时，甲方仅加盖了公司公章，而乙方则既签字又盖章。由于甲方加盖的公章是真实有效的，且代表了甲方的真实意思表示，同时合同内容合法合规，因此这份合同对甲乙双方均具有法律约束力。

二、影响有效性的特殊情况

尽管盖章是合同成立的有效方式之一，但在某些特殊情况下，仅盖章可能不足以使合同生效。这些特殊情况包括但不限于：

1. 盖章主体不适格：

   • 若盖章的主体不具备相应的民事行为能力或没有签订该协议的权限，则协议可能无效。例如，公司内部的某个部门未经公司授权，擅自加盖部门印章签订合同，若对方明知该部门无此权限，则协议的效力会受到质疑。

2. 盖章不真实：

   • 如果协议上的盖章是伪造的，并非当事人真实使用的印章，那么该协议无法体现当事人的真实意思表示，因此可能无效。例如，他人私刻公司印章签订合同，公司对此不知情也未追认，则该合同对公司不发生效力。

3. 违反法律法规强制性规定或公序良俗：

   • 即使协议上盖了章，但如果协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了社会公德和公共利益（即公序良俗），那么该协议依然无效。比如，协议内容涉及非法交易、侵害他人合法权益等，这样的协议自始无效。

4. 合同中有特别约定：

   • 如果合同中明确约定必须同时签字和盖章才生效，那么仅盖章而不签字则协议可能不发生法律效力。例如，协议条款明确要求“双方法定代表人签字并加盖公章”作为生效条件。

三、建议与实践

为避免后续纠纷的发生，建议在签订协议时，双方应明确约定生效条件及签字盖章事宜。这包括但不限于明确是“签字或盖章”还是“签字并盖章”生效，以及盖章的具体要求（如盖章主体、印章类型等）。同时，在签订协议前，应仔细审查对方的民事行为能力、授权情况以及印章的真实性，确保协议内容的合法性和合规性。

总结来说，协议书上双方签字盖章生效，只盖章在大多数情况下是有效的，但具体效力需根据盖章的真实性、盖章主体的适格性、协议内容的合法性以及双方的真实意思表示等因素来综合判断。如有任何疑虑或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。