针对您提出的“协议书签字盖章后生效，但是只有盖章生效吗”这一问题，我们需要从多个角度进行综合分析。

首先，从法律基础来看，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，“签字、盖章”在法律上是选择关系，并非必须同时具备，任何一项的完成都足以使合同成立。因此，在一般情况下，如果协议书中仅约定“盖章签字生效”但未明确必须同时具备两者，那么仅有盖章时，协议书仍然可能具有法律效力。

然而，我们也需要考虑合同的具体约定和实际情况。如果双方在实际交易习惯中有明确约定，或者对“盖章签字生效”有特定的理解，即认为必须同时满足盖章和签字条件协议书才生效，那么仅有盖章时协议书的效力将存疑。此时，我们需要结合具体证据和事实来认定协议书的效力，比如双方之前的交易记录、沟通记录等。

另外，即使协议书未同时满足盖章和签字条件，但如果一方已经履行了协议书的主要义务，且对方已接受，那么根据《民法典》的规定，该协议书仍被视为成立并生效。这是因为，实际履行行为本身就表明了双方对协议书内容的认可和接受。

此外，我们还需要考虑一些特殊情况，比如盖章主体的权限以及印章的真伪。如果盖章并非协议书约定主体所盖，或者印章存在伪造等情形，那么协议书的效力将受到严重影响。因此，在签订协议书时，双方应确保盖章主体的权限合法，且印章真实有效。

为了确保协议书的合法性和有效性，我建议您在签订协议书时明确约定生效条件及签字盖章事宜。比如，可以明确约定是“签字或盖章”生效还是“签字并盖章”生效，以及盖章的具体要求（如盖章主体、印章类型等）。这样可以避免后续因生效条件不明确而产生的纠纷。

综上所述，协议书约定盖章签字生效但只有盖章的情况下，其是否有效需结合具体的合同约定、相关法律法规的规定以及实际情况进行综合判断。