针对“工厂开出有案底怎么处理”的问题，首先需要明确“案底”通常指的是个体或组织因违法、犯罪等行为在官方记录中留下的不良记录。对于工厂而言，案底可能涉及到多种情况，如拖欠劳动报酬、违反劳动法规、环保违规等。以下是对工厂开出有案底后可能面临的处理方式的详细解答：

一、法律层面

1. 接受调查与处理：

   • 当工厂被发现有违法行为时，相关执法部门（如人力资源和社会保障局、环保局等）会进行调查。
   • 工厂需配合调查，提供相关资料和证据。
   • 根据违法行为的性质和严重程度，执法部门会依法作出处理决定，如罚款、责令整改、停产停业等。

2. 法律责任：

   • 如果工厂的行为构成犯罪，如拒不支付劳动报酬罪，工厂负责人或相关责任人可能会被追究刑事责任。
   • 被判处刑罚后，根据刑罚类型和期限，工厂负责人或相关责任人的工资待遇、社会地位等可能会受到影响。

二、经营层面

1. 信誉损失：

   • 工厂开出案底后，其信誉会受到严重影响。
   • 这可能导致客户流失、合作伙伴解除合作关系、供应商提高合作门槛等。

2. 经营困难：

   • 严重的法律处罚可能导致工厂资金链断裂、生产停滞。
   • 工厂可能需要投入大量时间和资金来整改和恢复生产。

三、社会层面

1. 舆论压力：

   • 工厂开出案底后，可能会受到社会舆论的广泛关注和批评。
   • 这要求工厂积极回应舆论关切，采取措施挽回形象。

2. 社会责任：

   • 工厂应反思自身行为，加强内部管理，确保合规经营。
   • 工厂还应积极履行社会责任，如改善员工福利、保护环境等。

四、后续处理建议

1. 整改与合规：

   • 工厂应严格按照执法部门的整改要求进行整改。
   • 加强内部管理，确保各项经营活动符合法律法规要求。

2. 危机公关：

   • 积极回应社会关切，通过媒体发布整改进展和成果。
   • 与利益相关者进行沟通，解释情况并寻求理解支持。

3. 法律咨询：

   • 寻求专业法律机构的帮助，了解法律风险和应对策略。
   • 确保在处理过程中遵守法律程序和要求。

综上所述，工厂开出有案底后需要面临多方面的处理。从法律层面接受调查与处理、承担法律责任；从经营层面应对信誉损失和经营困难；从社会层面承受舆论压力并积极履行社会责任。同时，工厂还应积极采取后续处理措施，确保整改合规并挽回形象。