当企业发现员工以前有案底，即存在犯罪记录时，企业的处理方式需依据相关法律法规及具体情况来综合判断。以下是一些详细且深入的处理建议：

一、法律法规依据

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：明确规定了劳动者被依法追究刑事责任时，用人单位可以解除劳动合同。这里的“被依法追究刑事责任”指的是员工被法院判处刑事处罚或者免于刑事处分的情形。

2. 《中华人民共和国未成年人保护法》第六十二条（如适用）：对于密切接触未成年人的单位，如学校、幼儿园、培训机构等，如果发现工作人员具有性侵害、虐待、拐卖、暴力伤害等违法犯罪记录，应当及时解聘。这是对未成年人保护的特殊规定。

二、处理步骤

1. 核实案底情况：

   • 企业应首先核实员工的案底情况，包括犯罪类型、判决结果、服刑情况等。这通常需要通过合法途径，如向公安机关查询或要求员工提供相关证明文件。

2. 评估影响：

   • 根据案底情况，评估员工继续留任可能对企业造成的影响，包括但不限于企业声誉、员工士气、业务运营等。
   • 特别关注是否涉及《中华人民共和国未成年人保护法》第六十二条规定的情形，即员工是否属于密切接触未成年人的岗位，且案底是否涉及性侵害、虐待、拐卖、暴力伤害等。

3. 制定处理方案：

   • 如果员工被依法追究刑事责任，且不属于密切接触未成年人的岗位，企业可以根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，考虑解除劳动合同。
   • 如果员工属于密切接触未成年人的岗位，且案底涉及性侵害、虐待、拐卖、暴力伤害等，企业应立即解除劳动合同，以符合法律法规要求。
   • 如果员工案底不严重，且不影响其继续履行岗位职责，企业也可以考虑保留员工，但应加强监管和培训，确保员工不再犯类似错误。

4. 固定证据与沟通：

   • 在决定解除劳动合同前，企业应固定、收集相关证据，如法院判决、员工认罪书等，以证明员工被依法追究刑事责任。
   • 与工会保持沟通，将辞退员工的情况书面通知工会，听取工会的意见。如果工会同意用人单位的决定，用人单位可以辞退员工；如果工会有不同的意见，用人单位应当研究工会的意见，并将处理结果书面通知工会。

5. 执行解除合同：

   • 企业应做出解除合同的通知书，并由员工签收。如果员工拒绝签收，企业应将当面送达的情况作出书面说明，以保留证据。
   • 采取邮寄送达方式，最好通过邮局以特快专递的方式送达，并保留回执。若邮件被退回未能送达，企业应将退回的信件完整保存。
   • 在获取未邮寄送达的证据后，企业可以通过新闻媒介公告送达，公告送达主要是通过全省范围内有影响力的新闻报纸通知，并保留已经公告的证据。

三、注意事项

1. 合法合规：企业在处理员工案底问题时，必须严格遵守相关法律法规，确保处理程序的合法性和合规性。

2. 保护员工隐私：企业在查询和核实员工案底情况时，应保护员工的隐私权，避免泄露员工个人信息。

3. 公平公正：企业在处理员工案底问题时，应坚持公平公正的原则，避免歧视和偏见。

4. 咨询专业意见：如果企业对处理员工案底问题存在疑问或困惑，建议咨询专业律师或法律机构的意见，以确保处理方案的合法性和有效性。

综上所述，企业在处理员工以前有案底的问题时，应依据相关法律法规和具体情况来综合判断，并制定合法合规、公平公正的处理方案。