单位未按2006年套改工资可能构成违法。具体分析如下：

根据《事业单位人事管理条例》第三十二条，事业单位工作人员的工资应当根据其套改年限、任职年限、所聘岗位以及工作表现来确定。如果单位在2006年工资套改时，未能按照员工的实际情况正确套改薪级工资，那么这种行为可能违反了上述条例。

从法律角度看，单位低套薪级工资可能面临以下责任：

1. 需按照实际情况补发被低套的薪级工资差额；
2. 如果因低套工资给员工造成了经济损失，单位还需承担相应的赔偿责任；
3. 情节严重时，单位还可能受到相关行政部门的处罚。

如果确认单位低套了员工的薪级工资，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 与单位沟通：首先与单位人事部门沟通，要求核实并更正薪级工资。
2. 向上级反映：如果单位不予理会，可以向上一级主管部门反映情况，寻求进一步的帮助和解决。
3. 法律途径：必要时，还可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，比如提起行政诉讼。

综上所述，单位未按2006年套改工资可能构成违法，员工有权要求单位核实并更正薪级工资，以确保自己的合法权益不受损害。如果单位拒不改正，员工可以采取相应的法律措施来维护自己的权益。