结论前置：店铺转让后，新老板接手并经营了几年，员工被辞退时的赔偿年限，通常只计算员工在新老板手下的工作年限，而非店铺的总经营年限。

详细分析：

1. 劳动合同关系：在店铺转让的情况下，原店铺老板的劳动合同关系通常不会自动转移到新老板名下。新员工与新老板之间会建立新的劳动合同关系，这一关系从新员工开始在新老板手下工作之日起计算。

2. 赔偿年限的计算：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，员工被辞退时，用人单位需要按照员工在本单位的工作年限来支付经济补偿金。这里的“本单位”指的是员工当前与之存在劳动合同关系的用人单位，即新老板。
   • 因此，赔偿年限通常只计算员工在新老板手下的工作年限，包括员工在新老板接手后至被辞退期间的连续工作年限。

3. 特殊情况：

   • 如果在店铺转让过程中，原店铺老板与新老板之间有明确的协议，且该协议涉及到了员工的权益承继问题，那么赔偿年限的计算可能会受到该协议的影响。但这种情况较为罕见，且需要具体查看协议内容来确定。

4. 法律建议：

   • 对于员工来说，在店铺转让后，应与新老板重新签订劳动合同，并明确自己的工作年限、薪资待遇等关键条款。
   • 如果在辞退时遇到赔偿问题，员工应首先与新老板进行协商；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，店铺转让后新老板接手并经营了几年，员工被辞退时的赔偿年限通常只计算员工在新老板手下的工作年限。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。