对于轻伤害案件，公安已经立案但被害人要求自诉的情况，公安机关应如何处理，这个问题涉及到刑事诉讼程序中的一些具体规定和操作流程。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们要明确轻伤害案件在司法实践中的处理方式。轻伤害案件既可能作为自诉案件处理，也可能转化为公诉案件，这主要取决于案件的具体情况和性质。
一、公诉程序优先
在轻伤害案件中，如果被害人已经向公安机关报案，并且公安机关经过立案侦查，认为犯罪事实清楚、证据充分，那么案件通常会按照公诉程序进行。这意味着公安机关会将案件移送检察机关审查起诉，最终由人民法院进行审判。这是刑事诉讼的一般程序，旨在维护社会公共利益和法律秩序。
二、被害人自诉的特定情形
然而，也存在一些特定情形，使得被害人可以选择自诉程序。根据《刑事诉讼法》的相关规定，如果公安机关或人民检察院对已经立案的轻伤害案件决定不予追究刑事责任，例如因为证据不足或其他依法不应当追究刑事责任的情形，那么被害人如果有证据证明被告人的行为构成犯罪，就可以向人民法院提起自诉。这体现了法律对被害人诉讼权利的保障。
三、公安机关的处理方式
正在公诉程序中的案件：如果轻伤害案件已经立案，并且正在按照公诉程序进行，即公安机关正在进行正常的侦查工作，检察机关也将依法提起公诉，那么在此过程中，被害人一般不能再就同一案件事实提起自诉。公安机关应告知被害人公诉程序的进行情况，并鼓励其积极配合侦查工作。
不予追究刑事责任的案件：如果公安机关或人民检察院决定不予追究轻伤害案件的刑事责任，那么被害人有权向人民法院提起自诉。在这种情况下，公安机关应告知被害人相关的自诉权利和程序，并提供必要的协助，如提供案件相关证据材料的复印件等。
四、法律建议
对于被害人来说，在处理轻伤害案件时，建议及时咨询专业律师以了解自己的权利和义务。律师可以根据案件的具体情况和性质，为被害人提供合适的法律建议，帮助其选择最佳的诉讼途径来维护自己的合法权益。
综上所述，对于轻伤害案件公安已立案但被害人要求自诉的情况，公安机关应根据案件的具体情况和性质进行灵活处理。如果案件正在按照公诉程序进行，应告知被害人并鼓励其积极配合；如果案件决定不予追究刑事责任，应告知被害人相关的自诉权利和程序，并提供必要的协助。