公司发催告函不来上班按旷工算，这一行为是否合法，取决于具体情况和公司的规章制度。

首先，从法律角度来看，公司有权制定自己的规章制度，包括员工考勤、请假、旷工等方面的规定。如果公司的规章制度中明确规定了员工在收到催告函后仍未按时上班将按旷工处理，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度执行是合法的。

其次，公司在执行这一规定时，应当确保程序的公正性。例如，催告函的发送应当符合法定程序，内容应当明确、具体，且给予员工合理的回应时间。如果公司在未履行法定程序或未给予员工合理回应时间的情况下，单方面将员工不来上班的行为视为旷工，那么这一行为可能构成对员工的侵权，员工有权依法维护自己的合法权益。

此外，还需要考虑员工不来上班的具体原因。如果员工有正当理由（如病假、事假等）且已按照公司规定提前请假，但公司仍然发送催告函并按旷工处理，那么这一行为显然是不合法的。员工可以依法向公司提出异议，并要求公司纠正错误。

综上所述，公司发催告函不来上班按旷工算是否合法，需要根据公司的规章制度、执行程序以及员工不来上班的具体原因来综合判断。如果你在这方面遇到了问题，可以详细向我说明情况，我会为你提供更具体的法律分析和建议。