百万工资被拖欠4年，讨回后交税32.7万并不完全合理，税务部门应当根据实际情况重新核算应纳税额。

一. 案情分析

1. 拖欠工资与一次性支付：蔡先生被公司拖欠了4年的工资，最终通过诉讼一次性讨回。这导致他的多年收入在某一时间点被集中支付。
2. 税务处理：公司按照一次性支付的方式为蔡先生代扣代缴了个人所得税32.7万元。蔡先生认为这种计税方式导致应纳税额畸高，因此提起了行政诉讼。
3. 法院判决：法院审理后认为，由于公司长期拖欠工资，导致蔡先生一次性取得多年收入。若税务部门机械地按照支付时点计税，将加重劳动者负担，有违税收公平。因此，法院判决撤销税务部门的原答复，并责令其重新核算。

二. 法律依据

1. 《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条：纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还。
2. 《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第七十八条：税务机关发现纳税人多缴税款的，应当自发现之日起10日内办理退还手续；纳税人发现多缴税款，要求退还的，税务机关应当自接到纳税人退还申请之日起30日内查实并办理退还手续。

三. 推理总结

• 在本案中，由于公司的原因导致蔡先生的多年度个人所得被一次性支付。若税务部门机械地按照支付时点计税，显然不符合税收公平的原则。
• 法院根据《税收征收管理法》及其实施细则的相关规定，判决税务部门重新核算蔡先生的应纳税额，是合理的。
• 最终，蔡先生获得了退税4.7万元，这也说明了原计税方式确实存在问题。

因此，我认为百万工资被拖欠4年，讨回后交税32.7万并不完全合理。税务部门应当根据实际情况，特别是考虑到工资被拖欠的特殊情况，重新核算应纳税额。如有进一步需要，您可以继续咨询我。