拖欠了三年的工资补发，需要按照《中华人民共和国个人所得税法》的规定合并到补发年份的综合所得中计算个人所得税。

一. 补发工资的计税方式

• 根据《中华人民共和国个人所得税法》第六条，居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。拖欠了三年的工资在补发时，应合并到补发年份的综合所得中，按照该年度的税收政策进行计税。

二. 具体计税步骤

1. 合并计算：将补发的工资与补发年份的其他收入（如年薪、奖金等）合并，计算总收入。
2. 费用减除：从总收入中减除费用六万元（即每年的基本减除费用），以及专项扣除（如社保、公积金等）和专项附加扣除（如子女教育、住房贷款利息等）。
3. 计算应纳税所得额：经过上述减除后，得到的余额即为应纳税所得额。
4. 适用税率和速算扣除数：根据应纳税所得额的大小，查找对应的税率和速算扣除数，计算应缴纳的个人所得税。

三. 注意事项

• 补发工资可能涉及多个纳税年度，需要分别计算每个年度的税收。
• 如果补发工资导致某个年度的应纳税所得额发生变化，可能需要重新调整该年度的税收申报。
• 专项扣除和专项附加扣除的具体数额需要根据个人实际情况进行计算。

我建议您在补发工资后，及时咨询税务机关或专业税务人员，确保正确计算并缴纳个人所得税。如有进一步需要，您可以继续咨询我。