补发去年工资扣税的问题，需要根据税法规定和具体情况来处理。以下是对此问题的详细解答：

一、补发工资的扣税原则

补发工资作为工资、薪金所得，需要依法计征个人所得税。其计税方式主要遵循《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的相关规定。

二、补发工资的常见扣税方法

1. 合并到当月工资薪金所得计算扣税：

   • 适用情况：这是多数地区采用的方法。
   • 计算公式：应纳税额 = （当月工资、薪金所得 + 补发工资 - 减除费用标准）× 适用税率 - 速算扣除数。其中，减除费用标准目前为每月5000元。
   • 实例说明：假设员工小李当月工资为8000元，补发去年工资3000元，则应纳税所得额 = 8000 + 3000 - 5000 = 6000元。根据税率表，计算出应纳税额。

2. 单独作为一个月工资计算扣税：

   • 适用情况：在特定地区或特定情况下，税务机关可能允许将补发工资单独作为一个月的工资来计算税款。
   • 计算公式：应纳税额 = 补发工资 × 适用税率 - 速算扣除数。此时不再扣除每月5000元的减除费用标准。
   • 注意：这种方式可能涉及更复杂的税务申报流程，需要确保符合当地税务机关的具体要求。

3. 分摊到所属期间：

   • 对于一次性补发多月工资的情况，如果税务机关允许，可以将补发工资分摊回原所属月份分别计税。
   • 这种方式需要更专业的税务处理，确保全年累计税额正确。

三、重要注意事项

1. 已缴税款扣除：如果补发工资所属月份已经预缴了个人所得税，在计算补发工资的应纳税额时，需要扣除已经预缴的部分，避免重复征税。

2. 专项附加扣除：纳税人可以享受子女教育、继续教育、大病医疗等专项附加扣除，这些扣除可以降低应纳税所得额，从而减少税负。

3. 地区差异咨询：由于各地税务机关对补发工资扣税的规定可能存在差异，因此企业和个人在处理补发工资扣税问题时，应事先向当地税务机关咨询，确保准确履行纳税义务。

4. 合法合规性：用人单位需要准确计算并代扣代缴个人所得税，避免税务风险。同时，劳动者也有权了解自己的税收情况，并对不合理的扣税提出异议。

四、建议

在处理补发去年工资扣税的问题时，建议企业和个人遵循以下步骤：

1. 了解当地政策：首先了解当地税务机关对补发工资扣税的具体规定和要求。

2. 计算应纳税额：根据税法规定和当地政策，准确计算补发工资的应纳税额。

3. 申报缴纳：按照规定的流程和时间，向税务机关申报并缴纳税款。

4. 保留凭证：保存好与补发工资和扣税相关的所有凭证和记录，以备将来查证。

综上所述，补发去年工资的扣税问题需要根据税法规定和具体情况来处理。企业和个人应确保合法合规地履行纳税义务，并充分利用税收优惠政策来降低税负。