当用户询问“两个月的工资在一个月发怎么扣税”时，这主要涉及到个人所得税的申报和缴纳问题。以下是针对这一问题的详细解答：
首先，需要明确的是，个人所得税的申报和缴纳是根据“收付实现制”原则进行的，即税款应在收入实际取得的月份进行申报和缴纳。因此，如果两个月的工资在同一个月发放，那么这笔工资应在发放月份进行个人所得税的申报和缴纳。
接下来，根据具体情况，可以采取不同的处理方式：
一、如果这两个月的工资合并发放且属于正常的月度工资薪金，那么应合并计税。具体步骤如下：
将两个月内发放的工资相加，作为总收入。
从总收入中扣除相关费用，包括每月5000元的减除费用（两个月合计10000元）、个人缴纳的社会保险费和住房公积金等专项扣除、子女教育等专项附加扣除以及其他依法确定的扣除项目。
根据扣除后的应纳税所得额，在综合所得适用的个人所得税税率表中查找适用税率和速算扣除数，并计算出应纳税额。
二、如果这两个月的工资属于补发工资，且满足一定条件并向当地税务机关申请备案后，可以选择将补发的工资分摊至所属月份计税。具体步骤如下：
向主管税务机关提交相关说明材料，如补发工资情况说明、工资发放明细等，并申请备案。
经税务机关审核同意后，将补发的工资分摊回所属月份，并与原工资合并计算应纳税所得额。
分别计算各月的应纳税额，并将各月应纳税额相加得出最终应纳税额。
需要注意的是，不同地区在具体操作上可能存在差异，因此在实际操作时需密切关注当地税务机关的规定和要求。
另外，无论采取哪种处理方式，都需要确保申报信息的准确无误，并严格遵守税法规定和当地税务机关的要求。如有疑问或不确定之处，建议及时咨询当地税务机关或专业税务顾问以获取准确的指导和帮助。