即使贪污公司货款后积极赔偿，公司仍然有权选择起诉。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律原则：

   • 贪污公司货款属于违法行为，不仅侵犯了公司的财产权，还可能构成犯罪。
   • 积极赔偿虽然可以在一定程度上减轻民事赔偿责任，但并不能完全消除违法行为的法律后果。

2. 公司权利：

   • 公司作为受害者，有权根据法律规定追究贪污者的法律责任，包括刑事责任和民事责任。
   • 积极赔偿只是民事责任方面的一种补救措施，但并不能替代或免除其他法律责任。

3. 法律程序：

   • 如果公司决定起诉，它将通过法律程序来追究贪污者的责任，这可能包括刑事诉讼和民事诉讼。
   • 在刑事诉讼中，贪污者可能面临刑罚；在民事诉讼中，公司可以要求贪污者赔偿因其行为而造成的全部损失。

4. 实际考量：

   • 公司是否会选择起诉，还可能受到多种因素的影响，如公司内部的规章制度、管理层的决策、法律成本等。
   • 积极赔偿可能会在一定程度上影响公司的决策，但并不意味着公司一定会放弃起诉的权利。

综上所述，即使贪污公司货款后积极赔偿，公司仍然有权根据法律规定和自身情况选择是否起诉。因此，建议贪污者尽快与公司协商并承担相应的法律责任，以避免可能的法律后果。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。