协查函寄往公司本身并不违法。下面是对此问题的详细分析：

一. 协查函的性质与目的

1. 性质：协查函通常是由司法机关、行政机关或其他有权机关在办理案件或执行公务过程中，为了获取相关证据或信息而向有关单位或个人发出的一种协助调查函件。
2. 目的：其目的在于请求收件方提供协助，如提供资料、说明情况、配合调查等，以帮助发函机关更好地完成案件办理或公务执行。

二. 协查函寄往公司的合法性

1. 法律依据：我国法律并未明确规定协查函不能寄往公司。相反，在司法实践中，向公司发送协查函是常见的调查手段之一。
2. 合法性判断：协查函寄往公司是否违法，主要取决于发函机关是否有权发出协查函、协查函的内容是否合法、以及公司是否按照协查函的要求提供了协助。如果发函机关有权发出协查函，且协查函内容合法，公司要求提供协助也是合法的，那么协查函寄往公司就不构成违法。

三. 公司应对协查函的方式

1. 核实身份：在收到协查函后，公司应首先核实发函机关的身份和权限，确保协查函的真实性和合法性。
2. 配合调查：如果协查函真实且合法，公司应按照协查函的要求提供协助，如提供相关资料、说明情况等。
3. 保护权益：在提供协助的同时，公司也应注意保护自身的合法权益，如确保提供的信息不被滥用、不泄露商业秘密等。

综上所述，协查函寄往公司本身并不违法，关键在于发函机关的权限、协查函的内容以及公司的应对方式。如果公司在收到协查函后有任何疑问或担忧，可以及时咨询专业律师以获取法律建议。如有进一步需要，您可以继续咨询我。