针对您提出的问题“为什么有些厂工资未结清辞职申请上会有工资已结清”，这通常涉及到用人单位在离职手续处理上的不规范操作。以下是对此问题的详细分析：

一、结论前置

在离职时，若辞职申请上标注“工资已结清”但实际上并未结清，这很可能是用人单位的误导性或不当行为。员工应谨慎对待，并确保自己的权益不受损害。

二、详细分析

1. 用人单位的误操作或故意行为

   • 误操作：有时，用人单位的人力资源部门或财务部门在处理离职手续时可能出现疏忽，错误地在辞职申请上标注了“工资已结清”。
   • 故意行为：更为严重的是，有些用人单位可能为了规避法律责任或拖延支付工资，故意在辞职申请上做出虚假标注。

2. 员工权益的潜在风险

   • 若员工在未核实工资是否真正结清的情况下就签署了辞职申请，可能会失去后续追讨工资的法律依据。
   • 一旦用人单位以此为由拒绝支付剩余工资，员工将面临维权难题。

3. 应对措施

   • 核实工资情况：在签署辞职申请前，员工应仔细核对工资支付情况，确保所有应得报酬已全额支付。
   • 拒绝签署不实声明：若发现工资未结清，应坚决拒绝在标注“工资已结清”的辞职申请上签字。
   • 保留证据并维权：若已签署不实声明且工资未结清，员工应收集相关证据（如银行流水、工资条、劳动合同等），并通过法律途径维权，如向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

三、法律建议

• 在离职过程中，员工应保持警惕，仔细审查所有离职文件，确保自己的权益不受损害。
• 若遇到用人单位的不当行为，应及时咨询专业律师或法律机构，寻求法律帮助。
• 保留好所有与工资支付相关的证据，以备不时之需。

综上所述，辞职申请上标注“工资已结清”但实际上并未结清的情况可能是用人单位的误操作或故意行为。员工应谨慎对待，确保自己的工资权益得到保障。若遇到问题，应及时采取法律措施维护自身权益。