针对“未经过患者同意由医师保存病历资料应该如何处罚”的问题，我们可以从相关法律法规及具体案例中进行详细解析。

首先，根据《医疗纠纷预防和处理条例》第十五条第一款的规定，医疗机构及其医务人员应当按照规定填写并妥善保管病历资料。这意味着，病历资料的填写和保管是医疗机构的法定责任，且必须按照规定进行。若未按规定填写、保管病历资料，将可能面临法律责任。

进一步地，《医疗纠纷预防和处理条例》第四十七条明确规定了未按规定填写、保管病历资料的处罚措施。具体来说，由县级以上人民政府卫生主管部门责令改正，给予警告，并处1万元以上5万元以下罚款；情节严重的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予或者责令给予降低岗位等级或者撤职的处分，对有关医务人员可以责令暂停1个月以上6个月以下执业活动；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

此外，结合具体案例来看，如某口腔诊所因未按规定填写、保管病历资料，以及未履行告知义务并取得患者书面同意，被依法给予了行政处罚。其中，诊所被警告并处罚款人民币20000元，涉事医师被警告并处罚款人民币15000元。这一案例进一步说明了未按规定保存病历资料可能面临的法律后果。

综上所述，未经过患者同意由医师保存病历资料，若违反了相关法律法规的规定，将可能面临责令改正、警告、罚款、降低岗位等级或撤职、暂停执业活动等处罚措施。因此，医疗机构和医务人员应严格遵守相关法律法规，确保病历资料的合法、规范填写和保管，以维护患者的合法权益和医疗秩序的稳定。