针对“多名在职在编员工被清退如何办理”的问题，首先需要明确的是，清退在职在编员工是一个严肃且需要严格遵循法律法规的过程。以下是根据相关公务员辞退规定及实际案例，为您提供的详细解答：
一、清退依据与程序
明确清退依据：
- 清退员工必须基于明确的法律法规或单位内部规定，如《中华人民共和国公务员法》及相关辞退规定、单位内部的员工管理条例等。
- 确保清退行为有充分的法律依据，避免引发不必要的法律纠纷。
遵循法定程序：
- 通常，清退员工需要经过一系列程序，包括但不限于：所在单位提出建议、组织人事部门审核、任免机关集体讨论并作出决定、送达辞退通知书、办理公务交接手续等。
- 确保每一步程序都合法合规，且留有书面记录，以备后续可能的复核或申诉。
特殊情形处理：
- 对于因公致残、患病、女性公务员在孕期等特殊情形的员工，法律有明确规定不得辞退。
- 在处理这些特殊情形时，需特别谨慎，并确保符合相关法律法规的要求。
二、实际案例参考
以河南省平顶山市汝州市疾病预防控制中心清退事件为例，虽然该案例涉及的是事业单位拟聘人员，但其中也反映了一些共性的问题：
- 招聘过程违规：该案例中，由于招聘过程中存在违规行为（如为内部考生量身定做报考资格条件、未将招聘方案报经上级人社主管部门批准等），导致招聘结果无效，进而引发清退。
- 处理方式：当地成立了工作专班来处理此事，说明对于此类问题，需要高层级的组织介入，以确保处理的公正性和合法性。
三、建议与注意事项
加强内部管理：
- 单位应建立健全员工管理制度，明确员工招聘、录用、辞退等各个环节的程序和要求。
- 定期对员工管理制度进行审查和更新，确保其符合法律法规的要求。
注重员工权益保护：
- 在清退员工时，应充分尊重员工的权益，确保清退过程合法合规，避免侵犯员工的合法权益。
- 为员工提供必要的法律咨询和援助，帮助他们了解自己的权利和义务。
做好善后工作：
- 对于被清退的员工，单位应做好善后工作，如协助他们办理离职手续、转接人事档案等。
- 确保被清退员工能够顺利过渡到新的工作环境或生活中去。
综上所述，多名在职在编员工被清退是一个复杂且敏感的问题，需要单位严格遵循法律法规和程序要求进行处理。同时，也应注重员工权益的保护和善后工作的落实，以维护单位的稳定和发展。