当劳动合同三年到期后，双方协商续签的年限不一致时，处理这种情况需要遵循一定的步骤和原则。
首先，要明确的是，劳动合同续签的年限并非由法律强制规定，而是由用人单位与劳动者双方根据各自的实际需求和情况，通过平等自愿、协商一致的原则来确定。因此，在协商过程中，双方应充分表达各自的意愿和诉求，并尝试找到一个能够平衡双方利益的解决方案。
如果双方在协商过程中无法达成一致意见，可以考虑以下几种处理方式：
重新评估各自需求：双方可以重新评估各自的职业规划、个人发展需求以及企业经营状况等因素，以便更清晰地了解彼此的需求和期望。这有助于双方找到更合适的合同期限，从而达成续签协议。
寻求第三方调解：如果双方无法直接协商达成一致，可以考虑寻求第三方调解。例如，可以邀请劳动仲裁机构或相关行业协会的专家进行调解，以帮助双方找到合理的解决方案。
依法处理：在协商和调解均无法达成一致的情况下，双方应依法处理。这包括检查原合同中是否有关于合同到期后的处置办法的明确说明。如果合同中有相关规定，应按照合同执行；如果合同中没有明确规定，双方应依据相关法律法规来处理争议。
考虑不续签：如果双方无法就续签年限达成一致，并且其他解决方式也无效，那么双方可能需要考虑不续签合同。在这种情况下，双方应确保按照法律规定和合同约定处理好合同终止后的相关事宜，如工资结算、社会保险关系转移等。
总之，处理劳动合同续签年限不一致的问题需要双方保持冷静、理性沟通，并遵循法律法规和合同约定。通过重新评估需求、寻求第三方调解或依法处理等方式，双方有望找到合理的解决方案，从而维护各自的合法权益。