不填写离职申请表并直接离职，可能会带来一系列不良后果，这些后果既涉及用人单位，也涉及劳动者自身。以下是对此问题的详细解答：
对用人单位的影响
经济损失与赔偿责任：劳动者不办理离职手续就直接离开，可能会导致用人单位在岗位空缺、工作交接不畅等方面遭受直接经济损失。在这种情况下，劳动者有可能需要承担赔偿责任，特别是如果因未办理离职手续而给用人单位造成了实际损失。
管理混乱：不办理离职手续会导致用人单位的人力资源管理出现混乱，如员工档案、社保关系等无法及时更新和转移，给后续的管理带来不便。
对劳动者的影响
经济补偿金问题：如果劳动者未按照公司规章制度办理离职手续，用人单位可能会以此为由拒绝支付经济补偿金。这对于那些因用人单位原因而离职并期望获得经济补偿的劳动者来说，是一个重要的损失。
就业记录与信誉：不办理离职手续可能会给劳动者的就业记录留下不良印记，影响其在未来求职时的信誉和竞争力。用人单位在招聘时往往会关注求职者的离职原因和过往工作表现，缺乏正式的离职手续可能会让用人单位对求职者的职业素养产生质疑。
社保与公积金转移问题：离职后，劳动者的社保和公积金等关系需要由原单位转出。如果不办理离职手续，这些关系的转移可能会受到影响，导致劳动者在享受相关社会保障时遇到困难。
建议
为了避免上述不良后果，建议劳动者在离职时务必按照法律和公司规章制度的要求办理离职手续，包括填写离职申请表、与主管沟通、交接工作以及办理相关的人事手续等。这样不仅可以确保用人单位和劳动者双方的权益得到保障，还可以为劳动者未来的职业发展奠定良好的基础。