事业单位改制将退役军人转企，需要结合具体情况来看是否合法，但整体上应当遵循《退役军人保障法》的相关规定。以下是对此问题的详细分析：

一. 事业单位改制与退役军人转企的合法性

1. 改制背景与目的：事业单位改制通常是为了优化资源配置、提高效率而进行的，而退役军人转企可能是改制过程中的一部分。这一过程中，必须确保退役军人的合法权益不受损害。
2. 《退役军人保障法》的规定：根据《退役军人保障法》，国家应当为退役军人提供就业服务，保障其就业权益。因此，在事业单位改制过程中，对于退役军人的安置和转岗，必须严格遵守该法律的相关规定。

二. 具体合法性判断

1. 是否遵循法律程序：事业单位改制和退役军人转企必须遵循法定的程序，包括但不限于制定改制方案、征求退役军人意见、签订相关协议等。如果这些程序被省略或违反，那么改制和转企的行为就可能构成违法。
2. 是否保障退役军人权益：在改制和转企过程中，必须确保退役军人的合法权益得到保障。例如，应当为退役军人提供合理的补偿、安置和职业发展机会。如果退役军人的权益受到损害，那么改制和转企的行为就可能构成违法。

三. 结论与建议

综上所述，事业单位改制将退役军人转企的合法性取决于具体情况。如果改制和转企过程遵循了法律程序，且保障了退役军人的合法权益，那么这一行为就是合法的。反之，如果违反了法律程序或损害了退役军人的权益，那么这一行为就是违法的。

我建议：在进行事业单位改制和退役军人转企时，必须严格遵守《退役军人保障法》等相关法律法规的规定，确保改制和转企的合法性。同时，也应当加强对退役军人的关怀和保障，为其提供更好的就业和发展机会。如有进一步需要，您可以继续咨询我。