行政机关不能直接作出行政协议无效的决定。下面我从相关法律规定和实际操作角度为您详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，行政协议的无效需由人民法院通过司法程序进行确认。行政机关本身并不具备直接宣告行政协议无效的法律权力。
   • 《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》也明确指出，行政协议存在重大且明显违法情形的，人民法院应当确认行政协议无效。这一规定进一步强调了法院在确认行政协议无效方面的司法权。

2. 实际操作：

   • 如果行政机关认为行政协议存在无效情形，应当通过法律途径，即向人民法院提起诉讼，请求确认行政协议无效。
   • 在诉讼过程中，行政机关需要提供充分的证据来证明行政协议存在无效的情形，如违反法律、行政法规的强制性规定，违背公序良俗，恶意串通损害他人合法权益等。

3. 行政协议无效的法律后果：

   • 一旦行政协议被人民法院确认为无效，该协议自始没有法律约束力，即双方当事人均无需再履行该协议。
   • 如果行政协议的无效给当事人造成了损失，行政机关可能需要承担相应的赔偿责任。

综上所述，行政机关不能直接作出行政协议无效的决定，而需要通过法律途径向人民法院提起诉讼来请求确认。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。