结论前置：员工与分公司还是总公司存在劳动关系，主要取决于分公司的法律地位和经营资格。如果分公司依法取得营业执照或登记证书，则员工与分公司存在劳动关系；若分公司未依法取得相关证照，则员工与总公司存在劳动关系。在未签订劳动合同的情况下，需结合实际情况和上述标准来判断劳动关系的存在。

详细分析：

1. 分公司依法取得营业执照或登记证书的情况：

   • 根据相关法律规定，分公司如果已经依法取得营业执照或者登记证书，那么它可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同，此时劳动者与分公司存在劳动关系。
   • 在这种情况下，即使总公司与分公司之间有内部的管理或财务关系，也不影响劳动者与分公司之间劳动关系的认定。

2. 分公司未依法取得营业执照或登记证书的情况：

   • 如果分公司未依法取得营业执照或登记证书，那么它不具备独立的用工主体资格。
   • 此时，如果劳动者在分公司工作，但并未与分公司签订劳动合同，而是与总公司签订了劳动合同，或者虽然未签订书面劳动合同但实际上接受总公司的管理、由总公司支付工资等，那么可以认定劳动者与总公司存在劳动关系。

3. 未签订劳动合同时的劳动关系认定：

   • 如果劳动者与分公司或总公司之间均未签订劳动合同，但劳动者实际上已经在分公司或总公司工作，并且存在事实劳动关系的证据（如工资支付凭证、工作证、考勤记录等），那么可以依据这些证据来认定劳动关系的存在。
   • 在这种情况下，同样需要区分分公司是否依法取得营业执照或登记证书，以确定与劳动者存在劳动关系的主体是分公司还是总公司。

综上所述，员工与分公司还是总公司存在劳动关系，需根据分公司的法律地位和经营资格以及劳动合同的签订情况来综合判断。在未签订劳动合同的情况下，应依据事实劳动关系的证据来认定劳动关系的存在及主体。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。