当甲方让乙方开发票，但付款金额少时，乙方应首先核对发票金额与实际付款金额的差异，并与甲方沟通协商解决方案，确保财务和税务的合规性。以下是具体的处理步骤和建议：

1. 核对金额差异：

   • 乙方应仔细核对发票金额和甲方实际付款金额之间的差异，明确差额的具体数额。

2. 与甲方沟通：

   • 在确认金额差异后，乙方应立即与甲方联系，说明发票金额与实际付款金额不一致的情况，并共同查找原因。可能的原因包括甲方财务处理错误、预付款项、折扣或优惠等。
   • 如果是因为甲方财务处理错误或预付款项导致的差异，应与甲方协商调整账务或后续补款的事宜。

3. 调整账务：

   • 如果发票金额大于实际付款金额，且属于商业折扣或优惠，乙方应留存相关合同或协议作为依据，并按实际付款金额入账。
   • 如果发票金额小于实际付款金额，乙方应与甲方协商，要求甲方补开发票或调整付款金额。若甲方拒绝，乙方可考虑向税务机关投诉，并对未取得发票部分的支出进行纳税调增处理。

4. 保留证据：

   • 在整个处理过程中，乙方应保留所有与甲方的沟通记录，包括电话记录、邮件往来、聊天记录等，以备后续需要作为证据使用。

5. 法律措施：

   • 如果甲方拒不配合解决发票金额与付款金额不一致的问题，且涉及伪造、欺诈行为，乙方可以向发票管理部门或法院提起诉讼，以维护自身合法权益。

6. 注意事项：

   • 乙方在处理此类问题时，应严格遵守相关的财务和税务规定，确保合规性。
   • 如有必要，乙方可以咨询专业的财务或税务人员，以确保处理的准确性和合规性。

综上所述，当甲方让乙方开发票但付款金额少时，乙方应通过与甲方沟通、核对金额差异、调整账务、保留证据等步骤来解决问题，并在必要时采取法律措施维护自身权益。