核心结论：发票金额比合同少100元，可能涉及合同履行、税务合规及双方权益保障问题，需根据具体原因采取不同措施。以下是具体分析及建议：

1. 核实差异原因，区分责任归属

• 若为开票错误（如金额计算失误、笔误）：
  根据《发票管理办法》第二十一条，开具发票应当按照实际交易金额填写。若因卖方疏忽导致金额少开，买方有权要求卖方重新开具正确金额的发票，并确保原发票作废或红冲，避免税务风险。
  操作建议：双方书面确认差额原因，卖方按实际交易金额补开发票，买方留存沟通记录作为证据。

• 若为合同变更未更新发票（如双方协商减少100元交易额）：
  根据《民法典》第五百四十三条，合同变更需双方协商一致。若口头协商未书面确认，可能引发纠纷。
  操作建议：补充签订书面变更协议，明确新交易金额及开票要求，再按变更后金额开票，确保合同与发票金额一致。

• 若为买方要求少开发票以“避税”：
  此行为涉嫌违反《税收征收管理法》第六十三条（偷税），可能面临补缴税款、滞纳金及罚款。
  操作建议：坚决拒绝此类要求，要求按实际交易金额开票，避免法律风险。

2. 税务合规处理

• 卖方义务：根据《增值税暂行条例》第十九条，销售方需在纳税义务发生时（如收款或合同约定日期）按实际交易金额开具发票。少开发票可能导致税款少缴，税务机关核查时需补税及罚款。
  
• 买方义务：根据《企业所得税法》第八条，买方需凭合法发票列支成本。若发票金额少于实际支付，可能无法全额税前扣除，增加企业所得税负担。
  共同建议：双方均应确保发票金额与实际交易一致，避免税务风险。

3. 权益保障措施

• 书面沟通：无论差异原因如何，建议通过邮件、微信等书面方式确认差额事实及处理方案，避免口头协商无证据。
  
• 合同补充条款：若差异因合同条款不明确导致，可签订补充协议，明确金额计算方式、开票时间及违约责任。
  
• 法律救济：若对方拒绝配合（如卖方拒不补开发票），买方可依据《民法典》第五百七十七条要求其承担违约责任，包括继续履行、赔偿损失等。

总结：发票金额与合同不符需优先核实原因，通过书面沟通明确责任，按税务规定处理，必要时补充合同或寻求法律救济。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。