针对您提出的“判决金额低于合同金额的发票怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，判决金额与合同金额之间存在差异，这通常是由于合同履行过程中的某些变更、纠纷或法律裁决所导致的。当判决金额低于合同金额时，对于发票的处理，我们需要根据具体情况来采取相应的措施。
一、核实判决与合同差异的具体原因
您需要仔细审查判决文书和合同条款，明确判决金额低于合同金额的具体原因。这可能是因为合同中的某些条款在履行过程中发生了变更，或者是因为双方在合同履行过程中产生了纠纷，最终通过法律途径得到了裁决。
二、根据原因采取相应处理措施
合同履行过程中的变更：
- 如果判决金额低于合同金额是因为合同在履行过程中发生了合理的变更，那么您需要与对方签订补充协议，明确变更后的金额及相关条款。
- 根据补充协议，您可以要求对方按照新的金额重新开具发票，或者对原发票进行更正，以确保发票内容与实际业务相符。
发票开具与判决金额不符（非变更原因）：
- 如果发票金额原本就高于判决金额，且并非由于合同变更导致，那么您可能需要与对方协商，按照判决金额来调整发票金额。
- 在这种情况下，您可能需要收回原发票，并要求对方按照判决金额重新开具发票。如果无法及时收回原发票，您可以与对方协商出具相关证明材料，以便进行账务调整。
涉及税收问题的处理：
- 如果发票金额的调整涉及到税收问题，比如需要开具红字发票等，那么您需要按照相关税收法规来处理。
- 在这种情况下，建议您咨询专业的税务师或会计师，以确保您的处理方式符合税收法规的要求。
三、保留相关证据并达成书面协议
- 无论采取何种处理方式，您都需要保留好相关的合同、发票、判决文书、沟通记录等证据。这些证据将有助于您在后续可能的协商、调解或诉讼中维护自己的权益。
- 同时，建议您与对方就发票金额的调整达成书面协议，明确调整后的金额、付款方式等相关事宜。这将有助于避免未来可能出现的纠纷。
四、寻求专业意见
- 如果您对如何处理判决金额低于合同金额的发票问题感到困惑或不确定，或者涉及金额较大、情况复杂，那么我建议您咨询专业律师或税务师的意见。
- 他们可以提供专业的法律或税务建议，帮助您依法依规妥善处理问题，并确保您的权益得到充分保障。
综上所述，当判决金额低于合同金额时，您需要根据具体情况采取相应的处理措施，并保留好相关证据。如果无法达成一致或涉及复杂问题，建议您寻求专业意见以维护自身合法权益。