车间清洁不合格长菌了通常不会被开除。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 员工的工作职责与用人单位的管理权

• 员工在工作期间应当遵守用人单位的规章制度，并按照岗位要求履行自己的工作职责。打扫卫生通常是某些岗位（如清洁工、保洁员等）的基本职责之一。然而，即使员工在卫生打扫方面存在疏忽或不足，用人单位也不能仅凭此一点就将其辞退。
• 用人单位对员工的管理应当遵循合法、合理、公正的原则。如果员工的行为没有严重违反公司的规章制度，或者没有达到法律规定的解除劳动合同的条件，用人单位通常不能随意将其辞退。

二. 辞退员工的合法条件

• 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位可以解除劳动合同的情形主要包括：员工在试用期间被证明不符合录用条件；员工严重违反用人单位的规章制度；员工严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害；员工同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响或者经用人单位提出拒不改正；以及劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化致使劳动合同无法履行等。
• 从上述规定可以看出，车间清洁不合格长菌并不属于上述可以解除劳动合同的情形之一。因此，用人单位不能仅仅以此为由将员工辞退。

三. 员工权益保护与纠纷解决

• 如果员工认为自己被不公正地辞退了，可以通过以下途径维护自己的权益：首先，与用人单位进行协商，寻求和解；其次，向当地劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查；最后，如果协商和投诉都无法解决问题，员工可以选择向劳动仲裁机构申请仲裁或者向人民法院提起诉讼。

综上所述，车间清洁不合格长菌了通常不会被开除。用人单位应当通过合理的管理手段来督促员工履行清洁职责，而不是直接采取辞退这种极端措施。我的观点是，员工和用人单位应当通过沟通和协商来共同解决卫生问题，以维护良好的工作环境和和谐的劳动关系。如有进一步需要，您可以继续咨询我。