如果下游企业真实业务且善意取得虚开的发票，仍可能需要补税。具体分析如下：
一. 虚开发票的法律后果
- 不得抵扣进项税额：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第九条，如果纳税人取得的增值税扣税凭证不符合规定，其进项税额不得从销项税额中抵扣。这意味着，即使下游企业的业务是真实的，但如果其取得的发票是上游企业虚开的，那么这部分进项税额将不能抵扣。
- 企业所得税前不得扣除：根据《中华人民共和国企业所得税法》第八条的规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，才准予在计算应纳税所得额时扣除。由于虚开的发票不符合税法规定，因此相关支出在企业所得税前将不得扣除。
二. 善意取得虚开发票的处理
- 虽然下游企业在业务中是善意的，且业务真实发生，但由于发票是虚开的，下游企业仍可能面临补税的风险。这是因为税法的规定是基于发票的真实性和合法性，而不是基于企业的主观意图或业务的真实性。
三. 实际案例理解
- 例如，A公司（下游）从B公司（上游）购进了一批货物，并支付了货款，取得了B公司开具的发票。然而，后来发现B公司虚开了这张发票。尽管A公司的业务是真实的，且A公司在取得发票时是善意的，但根据税法规定，A公司仍可能需要补缴因这张虚开发票而产生的税款。
我建议：下游企业在与上游企业交易时，应尽可能确保取得的发票是真实、合法的。如果发现自己取得了虚开的发票，应及时向税务机关报告，并积极配合税务机关的调查和处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。