核心结论：上游虚开增值税专用发票在5年内被查，下游企业善意取得虚开发票的，税款追征时效需分情况讨论，具体如下：

1. 善意取得虚开发票的认定前提
   根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号），下游企业需同时满足以下条件才构成“善意取得”：

   • 购货方与销售方存在真实的交易；
     
   • 销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票；
     
   • 专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符；
     
   • 没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。
     若下游企业符合上述条件，税务机关通常不会对其处以罚款或滞纳金，但需补缴已抵扣的税款。

2. 税款追征时效的法律依据
   根据《税收征收管理法》第五十二条及《税收征收管理法实施细则》第八十二条，税款追征时效分以下情形：

   • 因税务机关责任导致的未缴或少缴税款：追征期为3年，且不加收滞纳金；
     
   • 因纳税人计算错误等失误导致的未缴或少缴税款：追征期为3年（特殊情况可延长至5年），需加收滞纳金；
     
   • 偷税、抗税、骗税：无限期追征。
     关键点：善意取得虚开发票不属于“偷税、抗税、骗税”，也不属于“税务机关责任”，通常归类为“纳税人失误”，因此追征期一般为3年，特殊情况可延长至5年。

3. 上游虚开被查对下游追征时效的影响

   • 若上游虚开行为在5年内被发现，且下游企业被认定为善意取得，税务机关可在发现之日起3年内（或特殊情况下5年内）追征税款，但需以“纳税人失误”为前提。
     
   • 若下游企业已将虚开发票用于抵扣税款，且税务机关在追征期内发现，则需补缴税款及滞纳金（滞纳金按日加收万分之五，自税款缴纳期限届满次日起计算）。
     
   • 例外情形：若下游企业能证明其已尽到合理审查义务（如核对发票信息、交易合同等），且无主观过错，部分地区税务机关可能酌情减免滞纳金，但法律无明确规定，需以具体执法口径为准。

4. 实务建议

   • 自查与补正：下游企业应立即自查涉及虚开发票的交易，主动向税务机关说明情况，补缴税款及滞纳金，以降低行政处罚风险。
     
   • 证据保留：保留交易合同、付款凭证、物流单据等证明真实交易的材料，以备税务机关核查。
     
   • 法律救济：若对税务机关的追征决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

总结：上游虚开被查后，下游善意取得企业的税款追征时效通常为3年（特殊情况5年），需补缴税款及滞纳金，但可争取通过自查、补正及证据保留降低风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。