在下游企业被认定虚开发票的情况下，税务机关对上游企业的定性主要依据上游企业是否构成虚开发票的违法行为，以及其主观故意和客观行为表现。具体定性方向如下：

1. 若上游企业存在真实交易但未按规定开具发票
   税务机关可能认定上游企业存在“未按规定开具发票”的违规行为，但通常不直接定性为虚开发票。例如：

   • 上游企业实际销售货物或提供服务，但未按照实际交易金额、数量开具发票；
     
   • 上游企业未按照纳税人身份（如小规模纳税人或一般纳税人）开具适用税率的发票。
     此类行为可能面临行政处罚（如罚款、滞纳金），但一般不涉及刑事责任。

2. 若上游企业与下游企业无真实交易，虚构交易开具发票
   税务机关将直接认定上游企业构成“虚开发票”行为，具体分为三种情形：

   • 为他人虚开：上游企业为无实际业务关系的下游企业开具发票；
     
   • 让他人为自己虚开：上游企业通过支付“开票费”等方式，让他人为自己开具与实际业务不符的发票；
     
   • 介绍虚开：上游企业作为中介，撮合无真实交易的企业之间虚开发票。
     此类行为可能同时面临行政处罚（如没收违法所得、罚款）和刑事责任（虚开增值税专用发票罪或虚开发票罪）。

3. 若上游企业存在主观故意与客观行为的一致性
   税务机关会重点审查上游企业的主观故意，例如：

   • 上游企业是否明知下游企业无真实业务需求，仍为其开具发票；
     
   • 上游企业是否通过虚开发票获取非法利益（如骗取出口退税、抵扣税款）；
     
   • 上游企业是否与下游企业存在资金回流、虚假合同等配合虚开的行为。
     若主观故意与客观行为一致，税务机关将依法从严定性，并移送公安机关追究刑事责任。

4. 若上游企业能证明交易真实性且无主观故意
   若上游企业能提供完整证据（如合同、物流单据、资金流水等）证明交易真实，且无虚开发票的主观故意，税务机关可能撤销对上游企业的定性。例如：

   • 上游企业因下游企业提供虚假信息而误开发票；
     
   • 上游企业因内部管理疏漏导致发票开具错误，但无骗税目的。
     此类情况下，上游企业可能仅需承担行政责任（如补缴税款、整改），而不涉及刑事处罚。

总结：税务机关对上游企业的定性需结合交易真实性、主观故意、行为后果等多方面因素综合判断。若您或您的企业涉及此类问题，建议立即整理交易证据（如合同、付款记录、物流单据等），并向我详细说明情况，以便进一步分析风险及应对策略。