店长扣员工工资是否违法，并不取决于扣除的具体金额，而关键在于扣工资的理由和行为是否符合法律规定或劳动合同的约定。

法律分析

1. 合法扣除的情形：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠。但存在法定允许扣除的情形，如代扣代缴的个人所得税、社会保险费用、法院判决的抚养费、赡养费以及法律、法规规定的其他费用。
   • 如果员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

2. 违法扣除的情形：

   • 如果店长仅因员工轻微违纪（如迟到几分钟、与顾客发生小争执等）就扣工资，或者扣除的金额过多，甚至影响到员工的最低生活标准，这种扣除是违法的。
   • 店长或用人单位无故克扣员工工资，或未按照法定程序扣除工资，均属于违法行为。

法律后果

• 如果用人单位未及时足额支付劳动报酬（包括违法扣工资），劳动者可以解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。
• 劳动行政部门有权责令用人单位限期支付克扣的工资；逾期不支付的，用人单位需按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。

总结与建议

• 店长在扣除员工工资前，应确保有明确的法律依据或合理的规章制度作为支撑，并遵循相关的限度和程序。
• 员工应了解自己的合法权益，如遇违法扣工资行为，应及时与店长或用人单位进行沟通协商。协商不成时，可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

因此，店长扣员工工资是否违法，需根据具体情况判断。若无法定事由或违反相关规定扣除工资，则属于违法行为。