医疗保险部门劳动仲裁补缴是需要收取滞纳金的。具体分析如下：

一. 法律依据明确规定了滞纳金收取的情况

• 根据《中华人民共和国社会保险法》第八十六条：“用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，由有关行政部门处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款。”这表明，无论是因为何种原因导致的社保欠缴，只要未按时足额缴纳，就需要按日加收滞纳金。

二. 劳动仲裁后的补缴也属于社保费缴纳范畴

• 劳动仲裁后，如果裁定用人单位需要为员工补缴医疗保险等社保费用，那么这部分补缴的费用也同样属于社保费的缴纳范畴。因此，同样需要按照法律规定，自欠缴之日起按日加收万分之五的滞纳金。

综上所述，医疗保险部门在劳动仲裁后要求用人单位补缴社保费用时，是会收取滞纳金的。这是法律规定的明确要求，无论用人单位是因为何种原因导致的社保欠缴，都需要承担相应的滞纳金责任。我建议用人单位在收到劳动仲裁裁决后，应及时履行补缴义务，以避免产生不必要的滞纳金和罚款。如有进一步需要，您可以继续咨询我。