员工离职后，单位不配合证书注销，员工可以申请跨企业注销。具体分析如下：

一. 申请跨企业注销的法律依据

• 根据《注册建造师执业管理办法》(建市〔2008〕48号)第十九条规定，注册建造师要求注销注册或变更注册的，在提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料后，若聘用企业在7日内没有提供书面反对意见和相关证明材料，建设主管部门应予办理注销注册或变更注册。
• 例如，若某二级注册建造师已与聘用企业解除聘用合同关系，但企业不配合注销证书，该建造师即可依据上述规定申请跨企业注销。

二. 申请跨企业注销的具体流程

1. 个人申请：员工首先需要向原聘用企业提出注销申请，并上报至相关部门。此业务会在原聘用企业系统停留7日，等待原聘用企业的反馈。
2. 原聘用企业反馈：若原聘用企业在7日内未提供书面反对意见和相关证明材料，则建设主管部门将进一步办理注销手续。
3. 主管部门审核：审核通过后，主管部门将予以办理注销手续。若企业不配合，员工在申报注销业务时，需勾选“申请跨企业注销”，并上传与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料。

• 证明材料可选其一：①原单位解聘证明/解聘协议书；②用于认定解除劳动关系的劳动仲裁书+双方送达通知书；③用于认定解除劳动关系的法院判决书+生效证明。

三. 实际操作中的建议

• 在申请跨企业注销前，建议员工先与原聘用企业进行沟通，尝试协商解决证书注销问题。
• 若协商无果，员工应及时收集并准备好相关证明材料，按照上述流程申请跨企业注销。
• 如遇到任何困难或疑问，员工可向当地住房城乡建设行政主管部门咨询或寻求帮助。

综上所述，员工离职后单位不配合证书注销的情况下，员工可以依据相关法律法规申请跨企业注销。在申请过程中，员工应准备好相关证明材料，并按照规定的流程进行操作。如有进一步需要，您可以继续咨询我。