针对您提出的“挂靠单位不配合注销怎么办，能拖到证书有效期自动注销吗”的问题，以下是我的详细解答：
首先，对于挂靠单位不配合注销的情况，您不能依赖证书的有效期自动注销来解决问题。因为即使证书到期，如果您与挂靠单位之间的挂靠关系并未通过正规渠道进行注销，那么这种不合规的挂靠行为可能仍然会被视为持续存在，并可能给您带来潜在的法律风险和职业风险。
为了解决这个问题，您可以采取以下措施：
与挂靠单位协商： 尝试与挂靠单位进行友好协商，明确表达您希望注销挂靠关系的意愿，并了解他们不配合的原因。通过沟通，有时可以达成共识并顺利办理注销手续。
依据法规申请强制注销： 如果协商无果，您可以根据相关法律法规申请强制注销。根据《住房和城乡建设部关于工程建设领域职业资格“挂靠”行为专项整治的补充通知》的规定，当注册单位或个人一方反映与另一方不存在聘用关系，而另一方不予配合办理注销或变更手续时，省级住房城乡建设主管部门可以依据一方的申请及其提交的解除劳动合同书面证明、劳动仲裁、司法判决等材料，直接办理注销手续。您可以携带相关材料到当地的建筑市场服务中心或相关部门办理强制注销手续。
寻求法律援助： 如果挂靠单位仍然不配合，并且您已经尝试了上述方法仍无法解决问题，那么您可以考虑寻求法律援助。通过法律途径来维护自己的合法权益，并强制要求挂靠单位配合办理注销手续。
最后，我强烈建议您尽快采取行动来解决这个问题。挂靠行为本身是不合规的，并且可能给您带来严重的法律后果。通过正规渠道办理注销手续，可以确保您的职业声誉和合法权益得到保护。