若施工许可证业主单位不配合注销，可采取以下措施解决：

1. 协商沟通
   首先尝试与业主单位进行友好协商，明确告知其不配合注销可能带来的法律风险（如后续责任承担、行政处罚等）。通过书面函件或会议纪要形式固定沟通内容，为后续法律程序留存证据。

2. 行政投诉与举报
   若协商无果，可向当地住房和城乡建设主管部门（如住建局）提交书面投诉材料，说明业主单位不配合注销的事实及理由。根据《建筑工程施工许可管理办法》相关规定，主管部门有权责令改正或依法处理，必要时可启动行政强制程序。

3. 法律诉讼途径

   • 确认合同关系：若双方存在施工合同或合作协议，可依据合同中关于“施工许可证注销义务”的条款，向法院提起民事诉讼，要求业主单位履行配合义务并赔偿损失。
     
   • 申请行政裁决：部分地区允许利害关系人（如施工单位）直接向主管部门申请行政裁决，要求强制注销施工许可证。需提交证据证明业主单位无正当理由拒不配合。
     
   • 第三人撤销之诉：若业主单位已通过虚假材料注销许可证，可向法院提起第三人撤销之诉，请求撤销错误注销行为。

4. 证据收集与固定
   无论采取何种途径，均需提前收集以下证据：

   • 施工许可证原件及复印件；
     
   • 与业主单位的沟通记录（邮件、微信、录音等）；
     
   • 业主单位不配合的书面证明（如拒签文件、回避沟通等）；
     
   • 施工合同或相关协议中关于注销义务的条款；
     
   • 主管部门要求注销的书面通知（如有）。

5. 风险提示

   • 若施工许可证未及时注销，可能导致施工单位继续承担工程安全、质量责任，甚至面临行政处罚（如停工整顿、罚款）；
     
   • 若业主单位利用未注销的许可证从事违法活动，施工单位可能因“表见代理”被牵连。

建议行动步骤：

1. 立即书面催告业主单位配合注销，并留存送达证据；
   
2. 同步向当地住建部门提交投诉材料，申请行政干预；
   
3. 若情况紧急，可同时准备民事诉讼材料，向法院申请诉前行为保全（如禁止业主单位使用许可证）。
   

如有进一步细节需补充（如合同条款、沟通记录等），可直接向我说明，我会结合具体情形提供更精准的方案。