针对你提出的问题，关于立案期间每月基础性绩效未发放，后面结案为严重警告，已扣的绩效能否抵扣的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确几个关键点：
- 立案期间绩效未发放：这通常意味着在某一法律程序或纠纷处理期间，你的基础性绩效被暂停发放。
- 结案为严重警告：这表示法律程序或纠纷已经有了最终的处理结果，你被给予了严重警告的处分。
- 已扣的绩效能否抵扣：这是你需要解答的核心问题，即已经扣除的绩效是否可以因为结案结果而得到抵扣或返还。
接下来，我们根据这些关键点进行深度分析：
绩效发放与扣除的法律依据：
- 绩效的发放通常依据公司的规章制度、劳动合同或相关的法律法规。
- 绩效的扣除也需要有明确的法律依据或合同约定，不能随意扣除。
立案期间绩效未发放的处理：
- 如果立案期间绩效未发放是因为法律程序或纠纷处理的需要，且这一做法符合公司的规章制度或法律法规，那么这一期间的绩效未发放可能是合理的。
结案为严重警告对绩效的影响：
- 结案为严重警告通常是对你行为的一种处分，但它并不直接决定绩效的发放或扣除。
- 除非公司的规章制度或劳动合同中明确规定，因严重警告可以扣除或不予发放绩效，否则，已扣除的绩效不能仅因结案为严重警告而被视为合理扣除。
已扣绩效的抵扣问题：
- 如果已扣的绩效没有明确的法律依据或合同约定作为支持，那么你有权要求公司返还或抵扣这部分绩效。
- 抵扣的方式可能因公司规章制度或法律法规的不同而有所差异，但通常需要双方协商一致或通过法律程序解决。
综上所述，已扣的绩效能否抵扣，取决于公司的规章制度、劳动合同以及相关的法律法规。如果公司没有明确的规章制度或合同约定支持绩效的扣除，或者扣除的绩效超出了法律或合同规定的范围，你有权要求公司返还或抵扣这部分绩效。建议你与公司进行协商，如果协商无果，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。