单位停发企业内退人员工资的行为是违法的。以下是对此问题的详细分析：

一. 内退人员的工资权益

1. 工资支付义务：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。企业内退人员虽然不再从事原工作，但他们与企业的劳动关系仍然存在，企业有义务按照约定或相关规定支付工资。
2. 内退协议的内容：内退协议是企业与劳动者之间就内退事宜达成的约定，它应该明确双方的权利和义务，包括工资的支付。如果内退协议中没有明确约定停发工资的条款，那么企业不能单方面停发工资。

二. 社保缴纳与工资支付的关系

1. 独立性：社保缴纳和工资支付是两个独立的行为。劳动者申请不让交社保，并不影响其获得工资的权利。企业不能以劳动者申请不交社保为由，停发其工资。
2. 法律义务：企业为劳动者缴纳社保是法定义务，而支付工资也是法定义务。两者不能相互替代或抵消。

三. 结论 综上所述，企业内退人员申请不让交社保后，单位停发工资的行为是违法的。因为这不仅违反了劳动法关于工资支付的规定，也违背了内退协议中可能存在的关于工资支付的约定。企业应当继续按照约定或相关规定支付内退人员的工资。

我建议，如果你遭遇了这样的情况，可以先与企业进行沟通协商，要求企业恢复工资支付。如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。