如对方拒绝拿出工程款，您可以通过法律途径追究其违约责任，并考虑向法院提起诉讼。具体分析如下：
一. 追究违约责任
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十二条，如果履行不符合约定，应当按照当事人的约定承担违约责任。在您与有限公司合作做工程的情况下，若对方收到工程款后拒绝拿出，这明显违反了双方的约定，因此您可以要求其承担违约责任。
- 实际应用：在此情况下，您应首先检查合作合同中是否有关于违约责任的明确约定。如果有，您可以直接依据合同条款要求对方承担责任。如果合同中没有明确约定或约定不明确，您可以根据《民法典》第五百一十条的规定，与对方协商补充协议，或按照合同相关条款及交易习惯来确定责任。
二. 考虑向法院提起诉讼
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条，如果您决定通过法律途径解决纠纷，可以向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。这一条款为您提供了向法院提起诉讼的法律基础。
- 实际操作：在提起诉讼前，建议您尽可能收集相关证据，如合作合同、工程款支付凭证、双方沟通记录等，以证明对方的违约行为。然后，您可以按照《民事诉讼法》的规定，向有管辖权的人民法院递交起诉状，并附上相关证据材料。
我建议，在采取法律行动之前，您可以先尝试与对方进行协商，看是否能够通过友好方式解决纠纷。如果协商无果，再考虑通过法律途径来维护您的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。