结论：工程款保证金打到对方公司账户后，对方公司一般不可以随意拿出来使用，若未经合法程序使用可能构成违法。以下从不同角度详细分析：

从保证金性质角度

工程款保证金通常是为了确保工程能够按照合同约定顺利完成，或者保证工程质量等目的而设立的。它具有一定的担保性质，其所有权和使用权在特定条件下是受到限制的。

• 如果保证金是履约保证金：其目的是保证承包方按照合同约定履行义务，比如按时开工、按质完成工程等。在承包方没有违反合同约定的情况下，这笔保证金在合同约定的期限届满或者工程验收合格后，会按照约定退还。在此之前，对方公司（发包方）无权擅自使用这笔保证金。如果发包方擅自使用，可能构成对承包方财产权的侵害，需要承担相应的民事赔偿责任。
• 如果保证金是质量保证金：用于保证工程质量在保修期内符合要求。在保修期内，如果工程出现质量问题，发包方可以从质量保证金中扣除相应费用用于维修。但在保修期未满且工程无质量问题时，发包方同样不能随意使用这笔保证金。若擅自使用，同样要承担民事赔偿责任。

从法律责任角度

• 民事责任：对方公司未经合法程序使用工程款保证金，属于违约行为（如果合同中有相关约定）或者侵权行为（侵害了保证金提供方的财产权）。保证金提供方可以要求对方公司返还保证金，并赔偿因擅自使用保证金给自己造成的损失，比如利息损失、因资金短缺导致的其他经济损失等。
• 行政责任：如果对方公司的行为违反了相关行政法规，比如涉及挪用资金等违法行为，可能会受到行政主管部门的处罚，如罚款、责令改正等。
• 刑事责任：在极端情况下，如果对方公司以非法占有为目的，将工程款保证金据为己有，数额较大且拒不退还，可能构成侵占罪等刑事犯罪，会面临刑事处罚，如有期徒刑、拘役等。

从经办人角度

• 如果经办人只是按照公司正常流程办理保证金接收和使用相关手续：且公司使用保证金的行为是合法合规的，那么经办人一般不需要承担法律责任。
• 如果经办人明知公司使用保证金的行为违法，仍然积极参与或者协助：比如伪造文件、提供虚假信息等，那么经办人可能会成为共同违法或者犯罪的主体，需要承担相应的民事、行政甚至刑事责任。

建议：如果您遇到了工程款保证金被对方公司擅自使用的情况，建议您先收集相关证据，如合同、保证金支付凭证、对方公司使用保证金的相关记录等。然后可以与对方公司进行协商，要求其返还保证金并赔偿损失。如果协商不成，您可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。如果您还有其他疑问或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。