小时工抽烟时间能否扣除，取决于具体的公司规定以及劳动合同中的相关约定。

首先，从一般法律原则来看，劳动者的工作时间应当用于完成工作任务，而抽烟通常不被视为工作任务的一部分。因此，如果公司在规章制度中明确规定，抽烟时间不计入工作时间，或者抽烟需要在特定的休息时间进行，那么公司有权根据这些规定扣除相应的抽烟时间。

其次，劳动合同是劳动者与用人单位之间约定权利义务的重要文件。如果劳动合同中明确规定了抽烟时间的相关条款，比如抽烟时间是否计入工作时间、是否可以扣除等，那么这些条款将作为处理此类问题的直接依据。

最后，实际操作中，公司是否会扣除小时工的抽烟时间，还需要考虑公司的文化、管理风格以及劳动法规的约束。如果公司注重员工的人性化管理，可能会允许员工在合理的时间内进行抽烟等休息活动，而不会严格扣除这些时间。但如果公司强调工作效率和纪律性，可能会严格按照规章制度执行，对抽烟时间进行扣除。

因此，建议小时工在入职前仔细阅读公司的规章制度和劳动合同，了解公司对于抽烟时间的相关规定。如果有任何疑问或不明确的地方，可以向公司的人力资源部门或法律顾问进行咨询，以确保自己的权益得到保障。同时，也建议公司在制定规章制度时，充分考虑员工的合理需求，确保规章制度的合法性和合理性。