根据您提供的情况，员工在2025年6月的出勤和离职情况比较特殊，我们需要仔细计算其应出勤天数和实际出勤天数，以及相应的工资。以下是详细的计算步骤和解释：

一、应出勤天数计算

1. 确定月计薪天数：

   • 根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》，月计薪天数为21.75天。

2. 分析员工出勤情况：

   • 员工在6月12日休息，这是正常的休息日，不计入应出勤天数。
   • 6月3日和6月4日员工上班，这两天应计入应出勤天数。

3. 计算应出勤天数：

   • 由于6月3日和6月4日员工上班，因此6月的应出勤天数为2天（仅考虑提供的工作日信息，不考虑整月情况）。

二、实际出勤天数计算

1. 确定实际出勤日：

   • 员工在6月3日和6月4日实际出勤。

2. 计算实际出勤天数：

   • 实际出勤天数为2天。

三、工资计算

1. 计算日工资：

   • 日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数
   • 假设员工月工资为X元，则日工资为X ÷ 21.75元。

2. 计算实际出勤工资：

   • 实际出勤工资 = 日工资 × 实际出勤天数
   • 实际出勤工资 = (X ÷ 21.75) × 2

四、特殊情况说明

• 由于员工在6月4日离职，因此只需计算到6月4日的实际出勤工资。
• 如果员工有加班、奖金、津贴等其他收入，需要按照公司政策和劳动合同约定进行额外计算。
• 如果员工在请假或离职前有未结算的工资或奖金，也需要在离职时一并结算。

五、总结

根据以上计算步骤，我们可以得出员工在2025年6月的应出勤天数为2天，实际出勤天数也为2天。因此，员工的实际出勤工资就是其日工资乘以2天。具体的工资数额需要根据员工的月工资收入来计算。如果员工对工资计算有疑问或与公司存在争议，应首先与公司协商沟通，协商不成时可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。