农村自建房安全责任全部由包工头负责是不合法的。

在农村自建房的过程中，虽然房主可能会与包工头签订安全责任协议，约定一切安全事故由包工头负责，但这样的协议并不能完全免除房主的责任。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第七百七十条，承揽合同是承揽人按照定作人的要求完成工作，交付工作成果，定作人支付报酬的合同。在自建房过程中，若房主将房屋建设工程发包给无资质的个体工匠或包工头，双方形成承揽关系。但此关系并不改变房主作为建设方应承担的安全生产责任。
   • 《民法典》第一千一百九十三条规定，承揽人在完成工作过程中造成第三人损害或者自己损害的，定作人不承担侵权责任。但是，定作人对定作、指示或者选任有过错的，应当承担相应的责任。这意味着，如果房主在选任承包者时存在过错，如明知对方无资质仍发包，则需承担责任。

2. 实际案例与司法实践：

   • 在多起农村自建房安全事故案件中，法院均判决房主需对承包者的损害承担赔偿责任。即使房主与承包者签订有“一切安全事故由承包者负责”的协议，法院也常以该协议违反法律强制性规定为由认定其无效。

3. 责任分析：

   • 协议效力问题：免责协议因违反《建筑法》《安全生产法》等法律的强制性规定而无效。法律优先保护生命健康权，个人不得通过私约免除法定安全义务。
   • 房主过错认定标准：房主可能因选任过错（未审查承包者资质即发包工程）、指示过错（强令承包者违规作业）或管理过错（未提供必要安全防护条件）而承担责任。

4. 结论与建议：

   • 结论：房主不能通过免责协议逃避法定责任，其是否担责取决于是否存在选任、指示或管理过错。
   • 建议：房主在自建房时应严格核查承包者资质证书，签订书面合同明确双方权利义务，定期监督施工现场安全措施落实情况，并为施工人员购买意外伤害保险，以降低潜在的安全风险和法律责任。

综上所述，农村自建房的安全责任不能全部由包工头负责，房主也需承担相应的责任和义务。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。