发工资时确实会扣除个人应缴纳的个人所得税。以下是关于个人所得税扣除的详细解答：

一、缴纳主体与法律依据

• 根据《中华人民共和国个人所得税法》规定，个人所得税的缴纳主体是取得应税所得的个人。
• 实际操作中，单位作为支付所得的主体，有义务履行代扣代缴个人所得税的责任。

二、个人所得税的起征点与税率

• 我国工资、薪金所得的个人所得税起征点为每月5000元。
• 对于月工资收入超过5000元的部分，将按照超额累进税率计算个人所得税，具体税率根据应纳税所得额的不同而有所差异，税率区间为3%至45%。

三、代扣代缴流程

1. 应纳税所得额的计算：

   • 单位首先计算员工的应纳税所得额，这包括月工资收入减去5000元免征额、累计专项扣除（如社保、公积金）以及累计专项附加扣除（如子女教育、住房贷款利息等）。

2. 税率与速算扣除数的确定：

   • 根据应纳税所得额，对照个人所得税预扣率表，确定适用的税率和速算扣除数。

3. 税款计算与扣缴：

   • 使用公式“本期应预扣预缴税额=（累计预扣预缴应纳税所得额×预扣率 - 速算扣除数） - 累计减免税额 - 累计已预扣预缴税额”来计算应缴纳的税款，并从员工工资中扣缴，随后代为缴纳给地方税务局。

四、专项附加扣除与税收优惠政策

• 员工可享受多项专项附加扣除，如子女教育、继续教育、大病医疗等，以减轻税负。
• 国家还出台了一系列税收优惠政策，如对于个体工商户年应纳税所得额不超过一定数额的部分，可能享受减半征收个人所得税的优惠。

五、实际案例

以某员工为例，假设其每月工资为10000元，扣除三险一金和专项附加扣除后，应纳税所得额和应缴税款将按照上述流程计算并扣缴。

综上所述，发工资时扣除个人应缴纳的个人所得税是法律规定的操作。员工应了解相关税务知识，合理利用专项附加扣除和税收优惠政策来减轻税负；同时，单位也需确保代扣代缴流程的准确性和合规性，以避免可能的法律风险。