在建工程抵押的商品房在特定条件下是可以办理房产证的。以下是对这一问题的详细解答：

一、解除抵押是前提

• 首要步骤：在建工程抵押的商品房，若仍处于抵押状态，则无法直接办理房产证。因此，首要条件是确保房屋已解除所有抵押。这通常需要与银行或相关债权人协商，并完成解押手续。

二、确认手续合法性

• 核实协议：需要核实以房抵工程款的协议是否合法有效，明确房屋信息、抵款金额及双方的权利义务。
• 查看产权状况：应前往不动产登记中心查询，确认房屋是否存在抵押、查封等限制交易的情况。
• 检查开发商证件：确保开发商具备完整的“五证”，即《国有土地使用证》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》、《建设工程施工许可证》和《商品房销售（预售）许可证》。

三、完成购房手续

• 签订合同：根据抵房协议的内容，签订正式的《商品房买卖合同》，并明确价格、付款方式（注明以工程款抵付）以及交付时间等条款。
• 办理网签备案：按照当地的规定进行网上签约备案，以防止一房多卖，从而保障购房者的权益。

四、缴纳税费与费用

• 在办理房产证的过程中，还需要缴纳一系列税费和费用，如契税（根据房屋面积和购房情况缴纳，税率一般为1%-3%）、维修基金（用于房屋公共部位和共用设施设备的维修更新，缴纳标准各地不同）以及其他费用（包括印花税、产权登记费等小额费用）。

五、申请办理房产证

• 准备材料：包括登记申请书、身份证明、购房合同、完税凭证、房屋测绘报告以及以房抵工程款协议等。
• 提交申请：将准备好的材料提交至当地不动产登记中心，并填写相关的申请表。
• 审核与发证：登记中心会对提交的材料进行审核，并进行实地查看和权属调查。一旦审核通过，就会颁发不动产权证书。办理时间因地区而异。

六、注意事项

• 明确产权归属：在以房抵款的过程中，务必明确房屋产权的最终归属，以避免产权纠纷。
• 关注政策变化：及时了解当地的房地产政策和办证流程的最新要求，以确保顺利办证。
• 保留相关证据：妥善保存所有合同、协议、缴费凭证等证据，以备日后查询和维权使用。

综上所述，虽然在建工程抵押的商品房在办理房产证的过程中可能会遇到一些特殊情况和挑战，但只要按照上述步骤和要点进行操作，并确保所有手续和材料的合法性和完整性，就有可能顺利取得房产证。同时，购房者在购买此类房产时也需格外谨慎，充分了解房屋的具体情况和潜在风险。